Os primeiros passos em Educação dentro da estrutura da Fundação foram dados, ainda em 1993, com a implantação da Escola São Sebastião, focada inicialmente na educação infantil. Com passar dos anos, o trabalho foi se expandindo e, em 2006, foi inaugurado o grande Centro de Educação Básica Auxiliadora Paes Mendonça, que atende, com educação integral e gratuita, anualmente, 300 crianças, do Infantil ao 9º Ano do Fundamental.

O grande diferencial da metodologia de ensino é que o indivíduo é visto como um todo. A escola se preocupa com sua saúde, condições de vida, desenvolvimento emocional e seu projeto profissional. Tudo associado e integrado à educação formal. O aluno recebe material didático e fardamento, e os pais são estimulados a participarem da rotina de aprendizado.

Por ser integral, lá são servidas 1,2 mil refeições por dia. A nutrição entra como atividade educativa transversal, impactando diretamente na saúde dos alunos. Plantio de horta, trabalhos na comunidade, além de atividades culturais, fazem parte da rotina dos jovens que estudam no Centro Educacional.